как найти причину зависания?

Соглашусь. Может помочь.

после того, чем завершилось emerge -e (тут была моя вина, напутал с ядрами), было решено все переустановить с нуля. В данный момент это в процессе.
уже с новой установки:
make.conf (практически не изменил):

CHOST="i686-pc-linux-gnu"
CFLAGS="-O2 -march=core2 -msse -msse2 -mssse3 -mmmx -fomit-frame-pointer -pipe"
CXXFLAGS="${CFLAGS}"
MAKEOPTS="-j3"
USE="-cups X a52 aac acpi avahi alsa branding bash-completion berkdb bzip2 cdr cgi crypt dbus dri dts dvd dvdr encode fbcon fbcondecor ffmpeg flac gif glib -gnome gtk hddtemp hal iconv -jack java javascript jpeg jpeg2k -kde libsamplerate lirc lm_sensors matroska mdnsresponder-compat mmx mp3 mp4 mpeg mplayer ntp ogg opengl pcre perl php plasma png -pulseaudio -qt4 -qt3support rdesktop readline samba swat sasl -skey smp sockets sse sse2 ssl svga syslog tcpd tiff unicode vdpau vnc vorbis webkit wifi wireless win32codecs wma wmf x264 xml xvid xorg -xfce -zeroconf zlib"
LIRC_DEVICES="imon"
LCD_DEVICES="imon"
VIDEO_CARDS="nouveau" (было nvidia)
INPUT_DEVICES="evdev keyboard mouse"
GENTOO_MIRRORS="http://mirror-kt.neolabs.kz/gentoo/pub/"
FEATURES="distcc"

00:00.0 Host bridge: nVidia Corporation MCP79 Host Bridge (rev b1)
00:00.1 RAM memory: nVidia Corporation MCP79 Memory Controller (rev b1)
00:03.0 ISA bridge: nVidia Corporation MCP79 LPC Bridge (rev b2)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device 5001
00:03.1 RAM memory: nVidia Corporation MCP79 Memory Controller (rev b1)
00:03.2 SMBus: nVidia Corporation MCP79 SMBus (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device 0aa2
00:03.3 RAM memory: nVidia Corporation MCP79 Memory Controller (rev b1)
00:03.4 RAM memory: nVidia Corporation Device 0a98 (rev b1)
        Subsystem: nVidia Corporation Device cb79
00:03.5 Co-processor: nVidia Corporation MCP79 Co-processor (rev b1)
        Subsystem: nVidia Corporation Device cb79
00:04.0 USB Controller: nVidia Corporation MCP79 OHCI USB 1.1 Controller (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device 5004
        Kernel driver in use: ohci_hcd
        Kernel modules: ohci-hcd
00:04.1 USB Controller: nVidia Corporation MCP79 EHCI USB 2.0 Controller (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device 5004
        Kernel driver in use: ehci_hcd
        Kernel modules: ehci-hcd
00:06.0 USB Controller: nVidia Corporation MCP79 OHCI USB 1.1 Controller (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device 5004
        Kernel driver in use: ohci_hcd
        Kernel modules: ohci-hcd
00:06.1 USB Controller: nVidia Corporation MCP79 EHCI USB 2.0 Controller (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device 5004
        Kernel driver in use: ehci_hcd
        Kernel modules: ehci-hcd
00:08.0 Audio device: nVidia Corporation MCP79 High Definition Audio (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device a102
        Kernel driver in use: HDA Intel
        Kernel modules: snd-hda-intel
00:09.0 PCI bridge: nVidia Corporation MCP79 PCI Bridge (rev b1)
00:0a.0 Ethernet controller: nVidia Corporation MCP79 Ethernet (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device e000
        Kernel driver in use: forcedeth
        Kernel modules: forcedeth
00:0b.0 IDE interface: nVidia Corporation MCP79 SATA Controller (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device b002
        Kernel driver in use: ahci
00:10.0 PCI bridge: nVidia Corporation MCP79 PCI Express Bridge (rev b1)
00:16.0 PCI bridge: nVidia Corporation MCP79 PCI Express Bridge (rev b1)
        Kernel driver in use: pcieport
01:05.0 Network controller: RaLink RT2800 802.11n PCI
        Subsystem: ASUSTeK Computer Inc. Device 130f
        Kernel driver in use: rt2860
        Kernel modules: rt2860sta
02:00.0 VGA compatible controller: nVidia Corporation C79 [GeForce 9400] (rev b1)
        Subsystem: Giga-byte Technology Device d000
        Kernel driver in use: nouveau (единственное изменение, в прошлый раз использовались nvidia-drivers)
03:00.0 IDE interface: JMicron Technology Corp. JMB368 IDE controller
        Subsystem: Giga-byte Technology Device b000
        Kernel driver in use: pata_jmicron

1) сборка XBMC - флагов, относящихся к видеоадаптерам, equery u не показывает. единственное, что относится в данном случае к видео это флаг vdpau. Всегда собиралось с ним.
2) Проблем с дровами видео не наблюдалось ни на sabayon (nouveau) ни на генту (nvidia-drivers). OpenGL проблем на вызывал.