Как перекодировать HVDVD в x264

avidemux может поможет.

#!/bin/sh
# Этот скрипт кодирует видео в mkv

oops()
{
	echo "Ой! Ошибка! Выходим"; exit 1
}

clean()
{
for f in "${TMP_AUDIO_FILE}" "${RESULT_VIDEO_STREAM}" "${RESULT_AUDIO_STREAM}" "${TMP_VIDEO_FILE}" ; do rm -f "${f}" ; done
}

SOURCE_FILE=$1
if [[ " "${SOURCE_FILE} == " " ]] ; then 
	echo "Не указан файл для перекодирования. Выходим..."
	exit 1
fi

SOURCE_FILE_ED=`echo ${SOURCE_FILE} | sed "s:/:_:g"`

TMP_AUDIO_FILE="tmp_${SOURCE_FILE_ED}_audio"
RESULT_VIDEO_STREAM="${SOURCE_FILE_ED}.x264"
RESULT_AUDIO_STREAM="${SOURCE_FILE_ED}.mp4"
TMP_VIDEO_FILE="tmp_${SOURCE_FILE_ED}_video"
DEST_FILE=$2

clean

X264_OPTS="--crf 20 --sar 1:1 --threads 4 --b-adapt 2 --ref 6 --deblock -2:-2 --partitions all --direct auto --me umh --subme 10 --trellis 2"

if [[ " "${DEST_FILE} == " " ]] ; then DEST_FILE="${SOURCE_FILE_ED}.mkv" ; fi

echo ${SOURCE_FILE}
echo ${DEST_FILE}
echo ${TMP_AUDIO_FILE}
echo ${TMP_VIDEO_FILE}

echo "Поехали!.."
echo "Создаем fifo-файлы" || oops
mkfifo "${TMP_VIDEO_FILE}" || oops

echo "Кодируем видео..."
x264 "${TMP_VIDEO_FILE}" ${X264_OPTS} --output "${RESULT_VIDEO_STREAM}" & mplayer "${SOURCE_FILE}" -vf harddup,scale -vo yuv4mpeg:file="${TMP_VIDEO_FILE}" -ao pcm:file="${TMP_AUDIO_FILE}" 2>&1 > /dev/null || oops

sleep 1
echo "Кодируем аудио..."
faac -q 80 -o "${RESULT_AUDIO_STREAM}" "${TMP_AUDIO_FILE}" || oops

mkvmerge -o "${DEST_FILE}" "${RESULT_VIDEO_STREAM}" "${RESULT_AUDIO_STREAM}" || oops

echo "Подчищаем за собой..."
clean
echo "Сделано!"

Возьми за основу. Правда сам я HD не кодировал...