Зависимости пакетов

> Хочется удалить именно те пакеты, которые больше никем не используются. Неужели это нельзя проконтролировать на уровне portage?

кроме различных наколеночных наработок (которые можно поискать на http://gentooexperimental.com/) есть утилита equery которая вхотдит ... а куда же она входит ..
base syncro # equery b equery
[ Searching for file(s) equery in *... ]
app-portage/gentoolkit-0.2.1_pre4 (/usr/share/doc/gentoolkit-0.2.1_pre4/equery)
app-portage/gentoolkit-0.2.1_pre4 (/usr/bin/equery)

в гентулкит:) и кроме выяснения какому пакету принадлежит файл, умеет еще много чего, в том числе вычислять какие пакеты зависят от целевого

Можно, для этого как уже говорили существует

emerge --depclean

Чтобы правильно произвести чистку системы, нужно следующее:
1. Откорректировать world-файл /var/lib/portage/world, в нем не должно быть библиотек и приложений, которые вы не устанавливали целенаправленно.
Это следует пояснить, например имеем кусочек world-файла:

...
net-misc/ltsp
net-ftp/tftp-hpa
kde-base/libkdenetwork
...

При установке ltsp устанавливается еще tftp. Если вам в работе tftp нужен только для функционирования ltsp, то будет логичным если в будущем при удалении ltsp будут удалены и все его зависимости (tftp в том числе). Тогда нужно удалить строку net-ftp/tftp-hpa. Кроме того нужно удалить строку kde-base/libkdenetwork, потому что это библиотека, а не отдельное приложение.

2. Выполняем команду:

# emerge -av --update --deep --newuse world

Смотрим устраивают ли нас use-флаги, если нет - исправляем. Изменение use-флагов отображается в виде звездочки '*'.

3. Теперь собственно чистка:

# emerge -p --depclean

Проверяем, что должно удалиться. Если по вашему мнению в выводе есть лишние пакеты, добавляем их в world.
Затем все еще раз перепроверив и обдумав хорошо запускаем:

# emerge --depclean

И в заключении, хочу сказать, что я не несу ответственности за ваши действия. Тщательно все обдумайте, так чистку делаю я, и могу в чем то ошибаться. Буду рад если мне укажут на мои ошибки и неточности.