[появляются и исчезают] Квадратики при проигрываниии видео во всех плеерах

я бы попробовал mplayer и посмотрел вывод в консоли.

ьмплеер нечего плохого не пишет

На ум прихоидт только обновление кодеков, посмотри в настройках какие кодеки используются (ffmpeg например выставь). И погляди на каком видео они появляются, а на каком исчезают, уверен как раз от кодека это и зависит
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
root@Antarctic $ emerge -av penguins

у меня есть похожая проблема, те плееры что на движке xine выкидывают всякие финты, например при развороте на полный экран и попытке перехода обратно - висит изображение какбудто фильм на паузе. бывает что вот такие квадратики по всему экрану потом есть, даже если плеер закрыть. пока что я косо смотрю либо на дрова ATI либо на X-сервер, потому что wine 1,0 при удалении профиля и его запуске тогоже winefile вот также уродовал экран, после рестарта иксов оно пропадало.