Как перейти со Stage2 на Stage3 без переустановки

stage - всего лишь определяет отношение собранной заренее части к части собираемой на локальной машине.
После установки это уже не stage. Ну или некоторые называют поставленную систему stage4.
Другими словами, вопрос некоректен.

Вопрос странный. Стаж 2 получается из стажа 1 командой bootstrap.sh. Стаж 3 делается из стажа 2 командой emerge -e system, о чем собсно бутсрап и сообщает в конце своей работы. Закачать придется дистфайлы которые входят в сустем. Что именно сильно от юсов зависит. Список получается командой emerge -pve system.

Стаж 2 или 3 можно получить иным способом - распаковать из соответсвующего тара (для стажа 1 это единственный вариант)