emerge system - ненужные пакеты.

Так, щас посмотрим!

1. Маскируем apache, чтобы при emerge он на него ругался:
# echo net-www/apache >> /etc/portage/package.mask

2. Вызываем emerge и смотрим как ругается:

$ USE='-* acpi berkdb bzip2 caps gdbm maildir mmx mysql ncurses nls pam perl php python snmp vanilla zlib unicode' emerge -uDNpv system

These are the packages that I would merge, in order:

Calculating system dependencies -
!!! All ebuilds that could satisfy ">=net-www/apache-1.3.33-r10" have been masked.
!!! One of the following masked packages is required to complete your request:
- net-www/apache-2.0.55-r1 (masked by: package.mask)

 - BLA - BLA - BLA -

!!!    (dependency required by "dev-php/mod_php-4.4.0-r9" [ebuild])

Вот и получаем ответ: он нужен пакету mod_php. Значет, скорее всего надо выкинуть из юз-флагов php.

3. Проверяем (без php):

$ USE='-* acpi berkdb bzip2 caps gdbm maildir mmx mysql ncurses nls pam perl python snmp vanilla zlib unicode' emerge -uDNpv system

These are the packages that I would merge, in order:

Calculating system dependencies ...done!
[ebuild   R   ] sys-libs/ncurses-5.4-r6  -bootstrap -build -debug -doc -gpm* -minimal -nocxx +unicode 0 kB 
 - BLA - BLA - BLA -

Как видим --- мы оказались правы --- это USE="php"

4. Удаляем мусор из /etc/portage/package.mask

вуа-ля!