При сборке ядра не собираются некоторые модули.

А с другими ядрами так же? Вроде здесь нечто подобное описывается.
P. s.. У меня с генкернелом тоже не всё хорошо было, а руками с нуля не очень получалось. Потом просто взял генкернел-ядро и переделал уже руками.

Поддержку сетевой карты этой материнской платы нужно включить монолитно в ядро, а не модулем, в противном случае нужно использовать initrd.

Второе, зря вы выполняли oldconfig., ну да ладно.

Скопируйте конфиг этого ядра куда либо, очистите исходники и выполните сборку ядра заново.

На этапе make menuconfig не забудьте включить опцию поддержки сетевой карты этой материнской платы монолитно в ядре.

cd /usr/src/linux-2.6.36-zen1/
cp .config ../
make clean
make mrproper
cp ../.config ./
make menuconfig
make bzImage
make modules
make install
make modules_install

Если процессор многоядерный то собирать ядро лучше многопоточно, будет быстрее:

make -j N bzImage
make -j N modules
make install
make modules_install

Где N - число потоков (ядер процессора).

Ядро будет скопировано в директорию /boot под именем /boot/vmlinuz-2.6.36-zen1, модули ядра установятся в директорию /lib/modules/2.6.36-zen1/.

После сборки ядра нужно заменить старый образ ядра новым в директории, откуда оно загружается по сети, новые модули ядра нужно скопировать в директорию, которая по сети подключается в качестве корня тонкого клиента., если конечно у вас не используется ссылка /path_to_diskless_root/lib/modules/2.6.36-zen1/ -> /lib/modules/2.6.36-zen1/.

Узнать путь можно в конфигурации загрузчика pxelinux, ниже, либо в файле /etc/exports, в котором указаны директории, которые будут доступны по nfs.

После сборки ядра нужно разместить новый образ ядра в директории, откуда оно загружается по сети с tftp сервера.

Скорее всего у вас используется net-ftp/tftp-hpa, смотрите его конфигурационный файл в /etc/conf.d/in.tftpd, в нём смотрите переменную INTFTPD_PATH, скорее всего её значение будет INTFTPD_PATH="/var/tftp/"

cat /etc/conf.d/in.tftpd  | grep "^IN"
INTFTPD_PATH="/var/tftp/"
INTFTPD_OPTS="-R 4096:32767 -s ${INTFTPD_PATH}"

В этой директории смотрите конфигурацию pxelinux, что бы определить как должен называться файл образа и где он должен находиться относительно директории из переменной 'INTFTPD_PATH'.

nano /var/tftp/pxelinux.cfg/default

В верху файла смотрите значение параметра 'default', оно указывает номер конфигурации загрузчика, которая используется по умолчанию, отсчёт идёт от 0, отсчитываете секции описания конфигурации загрузчика вида:

label default
kernel vmlinuz-2.6.36-zen1 
append root=/dev/nfs ip=dhcp nfsroot=nfs_server_ip>:<nfs_path>

когда определите секцию смотрите название образа ядра напортив ключевого слова 'kernel' и копируете новый образ с заменой старого.

cp /boot/vmlinuz-2.6.36-zen1 /var/tftp/'путь до образа'/'имя образа'

После замены образа ядра пробуйте загружать эту машину.

Вообще для начала покажите конфигурационный файл pxelinux, который находится по пути, который определён в переменной 'INTFTPD_PATH' файла конфигурации tftp сервера /etc/conf.d/in.tftpd'/pxelinux.cfg/default.

Покажите содержимое '/etc/exports'.

Покажите содержимое корня тонкого клиента, который монтируется по nfs., точнее более интересует директория модулей там является ссылкой или их нужно туда скопировать.

Вообще лучше бы сначала сделать полный бекап сервера тонких клиентов. Т.к. вы уже могли испортить файл конфигурации ядра тонкого клиента, а он вам ещё понадобится.

Это файл /usr/src/linux-2.6.36-zen1/.config, так же если ядро собиралось genkernel его копия есть в /etc/kernels и скорее всего его можно получить из вывод 'zcat /proc/config.gz' загрузившись на тонком клиенте, со старым ядром, разумеется на том компьютере, где тонкий клиент нормально запускается.