gnome-session

Если вы не в курсе, то Gentoo в качестве системы инициализации по умолчанию использует OpenRC, в то же самое время Gnome3 всё больше и больше "завязывается" на systemd, в частности logind и прочие части systemd. Поэтому у вас сейчас 3 варианта решения вашей проблемы:
- сменить систему инициализации, вместо OpenRC установить systemd, почитайте соответствующую wiki страницу, Gentoo Wiki systemd (это самый простой способ);
- активировать соответствующие USE флаги, которые продиктуют собирать Gnome3 без поддержки systemd, но тут могут быть некоторые функциональные нюансы. Флаги нужно включить у всех пакетов, которые тянутся по зависимостям Gnome3 и его составными частями, а некоторые напротив выключить.
- отказаться от использования Gnome3 и поставить, к примеру, Xfce4, возможно, этот способ ещё проще.

Так же у вас там прочие блокировки, которые так или иначе связаны с systemd.

Так что изучайте вывод, смотрите ebuild`ы пакетов, которые указаны как требующие systemd или напротив требующие другой пакет, который блокирует установку systemd и разбирайтесь как устранить блокировку.

Когда будете искать причину того, что "тянется" по зависимостям systemd, то не забывайте открывать ebuild`ы указанных пакетов, которые "тянут" systemd и смотреть их зависимости и активированные флаги по умолчанию.

Так же посмотрите темы на форуме по переходу на systemd.

Видимо, вы установили не просто xorg-server, а установили мета пакет xorg-x11, который, в частности, так же "тянет" по зависимостям x11-wm/twm, который предоставляет twm - легковесный оконный менеджер, который startx пытается запустить по умолчанию, если не указано запускать что-либо другое.

Непонятно только зачем вы его ставили.

Не забывайте читать документацию.

Удачи.