Проблема с модулями perl

perl-cleaner -a?

Это круто! :)

Предлагаю Вам более осмысленную (и теоретически правильную) схему обновлений:

0. eix-sync - синхронизация. (Предполагается, что все в /etc/portage/* настроено, но можно это сделать и после синхронизации.

1. emerge -uN --nodeps portage - если обновился/изменился сам портаж.
2. Обновление тулчейна:
2.1. emerge -1 --nodeps linux-headers glibc - если обновился/изменился linux-headers или glibc. Кстати, желательно иметь версию linux-headers такую же как и у ядра - подробности в литературе и/или в Интернете ;).
2.2. emerge -uN --nodeps binutils - если обновился/изменился binutils
2.3.а. eselect binutils list - проверить настройку и
2.3.б. eselect binutils set [LastVersion] - выставить самый свежий, если он не тот
2.3.в. . /etc/profile - обновить среду, если были какие-либо изменения с binutils. Обращаю внимание, что точка в начале - это часть команды! ;)
2.4.а. emerge -uN --nodeps gcc - если обновился/изменился gcc
2.4.б. gcc-config -l - проверить текущую версию и переключить на нужную при необходимости
2.4.б. . /etc/profile - обновить среду, если были какие-либо изменения с gcc. Обращаю внимание, что точка в начале - это опять часть команды! ;)
2.5. emerge -1 --nodeps glibc binutils gcc если обновился/изменился хотя бы один из пакетов тулчейна.
3. если надо изменить/обновить ядро, то это надо делать только после обновления тулчейна (п.2), а также рекомендуется перекомпилировать ядро, если обновился тулчейн.
4. Пляски вокруг PERL'а:
4.1. emerge -1 --nodeps perl perl-cleaner - если обновился/изменился PERL, т.е. именно тут Вы и сделали свою самую главную ошибку! :)
4.2. perl-cleaner --reallyall - всегда(!) надо подчищать за PERL'ом, тут могут быть блокирующие PERL'овые пакеты - можете их смело удалять - они потом подтянутся по зависимостям, если надо.
5. Теперь пляски со змеей:
5.1.а. emerge -1 python - если только давно не обновлялись и все запущено, обычно постаточно
5.1.б. emerge -uN $(qlist -IC python) - обновить змеиное царство
5.2. python-updater - и подчистить за ним
6. emerge -uN $(qlist -IC portage) - Обновить игрушки портажа и можно продолжать почти в классической манере:
7. emerge -uDN --with-bdeps=y --keep-going=y @system - добиться завершения без ошибок
8. emerge -uDN --with-bdeps=y --keep-going=y @world - аналогично
9. emerge --depclean -a - подчистить за собой, но тут надо быть осторожной и внимательно прочитать весь список перед тем, как подтвердить удаление. Иногда система хочет удалить что-то важное, поэтому можно прервать процесс и перекомпилировать нужный пакет. Если совсем не знаете, что делать - лучше (безопаснее) этот шаг пропустить.
10. revdep-rebuild -i - продолжить чистку. Этот шаг вполне безопасен и желательно добиться его нормального завершения без ошибок.
11. eclean-dist - финальная чистка. Иногда тут выдается полезная информация об устаревших пакетах и/или доп.зависимостях. Тут уж по обстоятельствам - можно удалять или перекомпилировать проблемные пакеты. Вполне безопасно (с точки зрения портажа, но не с точки зрения информационной безопасности :) ) опять ничего не делать, если не понимаешь...

P.S. Разумеется, все команды выше можно предварительно прогнать с доп.параметрами -p -v на предмет посмотреть, что будет... ;)

Удачи!

Возможно perl-cleaner и повредил. Как уже упоминал кто-то из предыдущих ораторов, я также уже давно не сталкивался с проблемами при обновлении perl. Да, где-то месяц назад emerge выругался на то, что зависимости тянут две версии perl, но проверив что именно тянет вторую версию, я обнаружил какой-то пакет из XOrg, удалил этот пакет и запустил emerge. На этот раз всё прошло без каких бы то ни было проблем, и даже новая версия того удалённого пакета встала на место. Иногда возникают проблемы с перловыми модулями установленными как bdeps, но и с ними долго возится не приходится.

В общем, перловые проблемы не всегда связаны с самим перлом.