Подскажите как организовать автоматическую чистку лог файлов после определенного размера

logrotate

emerge logrotate
Конфигурационные файлы ротации настраивать в /etc/logrotate.d для каждого пакета, логи которого нужно rotate. А вообще многие пакеты (настраивается в своих конфигах) умеют это делать. Многие пакеты устанавливаются с поддержкой пакета logrotate (добавить в USE=logrotate) и потом для них появляется в /etc/logrotate.d свой конфиг ротации, в котором можно настроить размер, количество архивных копий и т.д.

# emerge logrotate

(а еще лучше его в USE флагах в make.conf прописать, если он там по умолчанию не прописан)

если нужно для своего log-файла, то его можно прописать в /etc/logrotate.d/

формат конфига есть в man logrotate